殺生は仏教で最も戒められた行為で、俗人が守るべき五つの戒（五戒）、出家を志す俗人がさらに三つの戒めを加えた八斎戒、そして出家した沙弥・沙弥尼が持すべき十戒のいずれにおいても、その筆頭に挙げられた。川や海に棲息する魚も当然その対象に含まれ、漁撈で殺生を犯したために災難に遭った話が『日本霊異記』に登場する。

　播磨国飾磨（しかま）郡（現・兵庫県姫路市周辺）で幼時から漁撈に従事していた漁夫が、桑畑で身体が炎に包まれようとしていると訴えて、濃於（のお）寺に来ていた元興寺僧の慈応という高僧に救いを求めた。慈応が唱える呪文により袴のみ焼けて命は救われ、以後は懺悔して殺生を慎んだという（上巻第11縁）。高僧の法力により殺生の罪を免れたという話だが、自身の祈願で救われたとする話も見える。

　大和国高市郡波多（現・奈良県明日香村）の呉原妹丸（くれはらのいもまろ）は、やはり幼時より漁撈を生業としていたが、延暦２年（783）紀伊国海部（あま）郡（現・和歌山県海草郡）の伊波多岐（いはたき）島（現・友ヶ島か）と淡路島の間で漁をしていると大風が吹き、９人の漁師のうち８人は溺死して妹丸だけが海に漂った。妹丸が妙見菩薩に祈願し、自身と同じ身長の仏像を造ることを約束したところ、蚊田浦（現・和歌山市加太）に打ち上げられ、命が救われた。妹丸は約束通り等身の菩薩像を作り崇敬した（下巻第32縁）。

　一方で、厳格であるはずの殺生禁断の戒めからして、いささか理解に苦しむ話もある。
　吉野山の山寺に住み修行していた僧は、身体が疲れ果てて起き上がれなくなり、弟子の童子に「魚を食べたいので、買ってきて欲しい」と頼んだ。童子は紀伊国の海辺で新鮮な鯔（ぼら）を８尾買い、持ち帰る途上、寺の檀越３人に出会った。檀越が「何を持っているのか」と尋ねると、童子は「法華経です」と答えたが、持っていた小櫃から魚の汁が垂れて生臭いにおいがする。大和国の市のところで、檀越は「お前の持っている物は経典ではなく魚だろう」と言い、小櫃を開けるように強く迫った。

　拒むことが出来ずに開くと、８尾の鯔は８巻の法華経に変わっていた。檀越は仕方なくその場を退いたが、３人の内の１人がなお怪しみ、ひそかに童子の後をつけた。童子が山寺で事の経緯を僧に話すと、僧は怪しみながらも喜び、諸天の加護と感謝して鯔を口にした。この様子を見ていた檀越は、体を地に投げて謝罪し、僧に語った。
「本当は魚でも聖人が食される場合は法華経に変化するのですね、因果の道理を知らずに童子を責め立てました。どうぞお許し下さい。以後はわが師としてあなたを敬い、供養致します。」

　『日本霊異記』の著者である景戒は、下巻第６縁のこの奇譚について、仏法の興隆につながるものであれば、毒物を食べても甘露となり、魚を食べても犯罪とはならないのだ、と解説する。道理は分からぬではないが、都合のよい解釈としか受け止められないのは、修養が足りないせいであろうか。